Category: Psychophysiology

Resolve EEGLab Java VM memory error

When you process HD-EEG data, like one acquired with EGI 256ch amplifier, EEGLab preprocessing pipeline easily face an error.

First, increase java HEAP memory in Matlab preference.

However, the matlab limit the maximum value based on their ‘recommendation’. In my case, the physical memory size is 64GB, but the ‘reommended’ max heap memory was 16GB. And the GUI not allow increase it more.

Than go to /Users/yourusername/Library/Application Support/MathWorks/MATLAB/R2019b, you will find matlab.prf.

Here I increased the memory 3times.

JavaMemHeapMax=I49152

Now it works!

(EEG측정에 있어) Ground와 Reference의 차이점

EEG 측정시 Ground와 Reference는 서로 다르다.  Reference lead란, reference전극 (usually placed at the ear or both ears, in the case of summed or linked ears)을 EEG amplifier 의 VIN- 커넥터와 연결해 주는 lead를 뜻한다 (if using an MP3X the VIN- is on the SS1LA cable).  Ground란, 단순히 시스템을 접지시켜주는 역할을 하며, EEG측정에서는 amplifier의 GND 커넥터를 ground electrode와 연결해 주는 lead를 뜻한다. Ground electrode는 흔히 이마(forehead)에 부착되지만, 신체의 다른 곳 어디에도 부착할 수 있으며 그 위치는 무관하다.(if using an MP3X the GND is on the SS1LA cable)  예를 들어, 단극 설치(unipolar setup)에서는, 하나의 reference electrode가 사용되며, EEG amplifier들의 Vin+ 커넥터, 혹은 MP3x의 SS1LA케이블에 연결된 다른 모든 전극들과  Amplifier의 VIN-에 연결된 이 reference electrode간의 전위 차(potential difference)가 측정된다.
원문출처http://www.biopac.com/FAQPage.ASP?id=64&Src=Research태그

바람직한 ground 전극 부착을 위한 원칙

1. ground 전극을 recording 전극들과 너무 가까이 부착하지 않는다.2. 가능하다면, 다른 recording electrodes들과 같은 거리를 유지하도록 부착한다.(이 사항과 관련해서 Biopac 장비가 충분히 강력하기는 하지만, 위 사항을 지킬수록 더 나은 품질의 신호를 얻을 수 있을 것이다).3.다른 전극을 부착할 때와 마찬가지로 부착 위치를 prep gel등으로 잘 문지르고, 가능한 한 저항을 줄인다.4. 신체의 움직이는 부분에 부착하는 것은 피한다. 측정 도중 전극이 움직일 수 있다.5. 전극 부착 후 테이프로 고정시킴으로써 피부 표면에 잘 붙도록 한다.

원문:http://www.biopac.com/FAQPage.ASP?id=272&Src=Research

양질의 데이터를 얻기 위한 원칙들

전극을 사용할 시 : 

  • 항상 전극을 부착할 위치의 죽은 피부 조각(각질)을 prep pad나 prep gel을 이용해 닦아 냄으로써 부착 위치를 준비시킨다. 
  • 전극에 소량의 electrode gel을 도포하여 사용한다. (하지만 과량을 사용하면 전극이 잘 붙지 않게 된다. 컵 형태의 전극을 사용할 시 특히 넘쳐 흐르지 않도록 주의한다. )Apply a drop of gel to the electrode (but not so much as to spread and prevent it from sticking well); apply to pre-gelled disposable electrodes if they look dry or do not provide a strong signal.
  • Wait at least 5 minutes before starting the recording so that the gel can be absorbed into the skin; this will reduce the impedance.
  • Check the impedance level—use the “Electrode Check” built-in impedance checker on MP3X units, or add BIOPAC’s  EL-CHECK to your recording protocol to measure the impedance between surface electrodes attached to a subject before you begin recording…then correct any noise issues before you begin to record great data!EL-CHECK is suitable for measuring electrode contact impedance for all surface biopotential measurements, including those for ECG, EEG, EGG, EMG, EOG, Bioimpedance and Impedance Cardiography. The EL-CHECK permits simultaneous connection of up to three electrode leads, for quick impedance checking between any two electrodes.As a rule of thumb, impedance levels below 10 kOhms are ideal, and the lower the better.
  • To prevent movement artifacts, use tape to attach the electrode leads to the skin. Make a loop with the electrode lead cable under the tape to reduce the chance of dislodging the electrode due to a sudden pull. 

General advice:

  • Each amplifier has several gain settings. Use the highest gain setting possible which does not cause data to clip (data will clip when the signal is amplified so much that it goes beyond the -10 to +10 volt range of the system). High gain takes full advantage of the high resolution capability of the system and increases measurement sensitivity.
  • When calibrating a transducer, whenever possible use calibration values that encompass the range in which you will be recording. For example, if you are using a force transducer and anticipate working in the range 5 to 50 grams, use a 5 gram and a 50 gram weight for calibrating.
  • For airflow transducers, use flow rates that are similar to those you intend to record.